写作伦理

    研究原著类文章对技术方法相关细节描述的要求
  • 实验方法是搜集科学事实,检验科学假说,形成科学理论的实践基础,因而简洁、清晰、准确地撰写研究原著类文章的实验方法部分方法对于此类文章来讲,是十分重要的。

    对实验方法的描述应达到以下目的:(1)允许读者重复实验,再现论文结果,做到所描述的实验方法在相同条件下可被他人复制;(2)使读者相信实验结果可靠,且令人信服;(3)使读者受益于实验材料和方法的介绍,以从中得到启发,从而引发进一步的思考和研究。

    那么,什么是撰写实验方法部分最需要注意的问题呢?那就是要在描述实验方法时,在不赘述的情况下,提供尽可能多的细节,也就是必须提供能让他人重复实验的基本步骤。

    另外,对实验方法部分进行可重复性描述还利于审稿专家评估稿件的质量高低。如果审稿人对于实验方法提出强烈质疑,那么不管实验结果多么激动人心,审稿专家也会建议编辑拒绝录用稿件的。

     

    下面简单介绍几种常见的实验方法所应具备的步骤描述:

     

    常用检测技术:

     

    ○Western blot蛋白印迹法(免疫印迹)

     

    Western blot流程:

     

    方法描述的基本步骤:

    从XX细胞/XX组织中提取蛋白质,用RIPA裂解和提取缓冲液(KeyGen Biotechnology,中国南京)处理。用BCA方法测定蛋白浓度。等量蛋白质通过SDS-PAGE分离后,转移到PVDF膜上(EMD Millipore公司,Burlington,MA,USA),然后用牛血清白蛋白(BSA,5%,v/v)封闭膜 。用适当稀释度的一抗在4 ℃下过夜孵育膜,然后将膜与二抗在室温下孵育1 h。ECL化学发光试剂盒(Thermo Fisher Scientific,Waltham,MA.USA)进行曝光显影。最后使用ImageJ(National Institutes of Health,Bethesda,MD,USA)对蛋白条带进行半定量分析,最终结果以目的蛋白与内参的吸光度比值表示(蛋白归一)。(注:一抗和二抗应说明抗体名称,动物种属,生产厂家(城市、国家),工作浓度,目录号及RRID号)

    样例1,2,3见https://www.cjter.com//CN/news/news29680.shtml

     

    ○Quantitative real-time PCR  实时定量 PCR

    1.Quantitative real-time PCR流程:

     

    2.方法描述的要求:

    *qPCR实验方法应当按“qPCR实验操作和文章发表指南:MIQE清单”中的要求进行,其必备的描述包括:

    2.1 样本采集、处理和制备:样本来源于哪个物种、器官、组织。并简要描述样本,例如:肿瘤样本描述肿瘤细胞组织比例。RNA提取于新鲜组织还是冰冻组织(如果是冰冻,如何冰冻,冻了多长时间)。

    2.2 核酸的质量控制:RNA的提取(操作环境、试剂、耗材中有无RNAase)、RNA的定量(用何种方法定量,量是多少),去除基因组DNA(gDNA)[描述gDNA污染程度,说明RNA样本是否经过DNase处理(包括DNase类型和反应条件)],质量评估[质量评估方法和结果(推荐使用凝胶电泳或微流控芯片rRNA)分析)],杂质残留(通过稀释样本做反转录来检测PCR抑制剂的存在,或者用SPUD等抑制试验)。

    2.3 反转录:描述反转录的方法和试剂,包括:RNA模板量、引物种类、酶的类型与数量,反应体系及反应的时间和温度。

    2.4  qPCR:基因信息(靶基因和参考基因的数据库登陆号(如:NCBI Gene数据库:基因id和序列的Accession Number),目标核酸的结构,目的基因长度)。引物信息(序列和浓度,结合位点。染料或探针:染料种类、探针序列)。实验设计(内参基因的选择、复孔、阴性阳性对照 )。反应体系及反应条件(聚合酶的名称和浓度、模板量、缓冲液化学组成,反应体系总量,反应温度及循环数(预变性-变性-退火-延伸)。仪器耗材(塑料耗材的透明度如货品,反应容器为单一管,排管还是板,制造商;当使用板时,还要提供板的密封方法)。

    2.5 数据分析:标准曲线(对第一对引物制作标准曲线来分析扩增效率)。实验组和对照组的Ct(Cq)值 。数据计算方法和归一化方法。数据重复性如何。统计方法和计算软件。

     

    术语:

    1. qPCR指的是实时荧光定量PCR,RT-qPCR指反转录qPCR。

    2.用于归一化的基因叫做参考基因(reference gene),而不是管家基因(housekeeping gene)。

    3. TAQMAN探针应称为水解探针。

    4. FRET是荧光共振能量转移探针(fluorescence resonance energy transfer probe)的总称 。

    5. LightCycler-type探针应称为双杂交探针。

    6.定量单词不用“quantitation”,而用“quantification”。

    (方法描述的要求主要来源:http://www.360doc.com/
    content/19/0322/18/52645714_823433224.shtml)

     

    样例1,2,3见https://www.cjter.com//CN/news/news29680.shtml

    ○TUNEL染色

     

    TUNEL染色流程:

    (1)细胞:

     

     

    (2)组织:

  • 发布日期: 2021-09-28  浏览: 734
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