液滴数字 PCR 作为 II 型局灶性皮质发育不良的一级分子诊断工具

doi:10.4103/1673-5374.371356

摘要/Abstract

摘要： https://orcid.org/0000-0003-2531-8413 (Paul J. Lockhart)

Abstract: Somatic variants and how to find them: One major challenge in studying somatic mosaicism is the low abundance of potentially pathogenic somatic variant(s). Unlike inherited germline variants, which are essentially present in all cells, pathogenic somatic variants only exist in a subset of cells and may be present at very low (< 1%) variant allele frequency (VAF). Despite the low VAF, these somatic variants are disease-relevant and considered pathogenic. In the context of focal brain malformations, which constitute a frequent cause of drug-resistant focal epilepsy, a pathogenic somatic mammalian target of rapamycin (MTOR) variant with a VAF of 0.3% has been described (Baldassari et al., 2019). The identification of pathogenic somatic variants has important implications both clinically and biologically. Clinically, a positive genetic diagnosis can provide diagnostic certainty and inform genetic counseling. A diagnosis can also improve patient care by informing treatment strategies, for example, justifying the use of an mTOR inhibitor such as sirolimus or everolimus. Biologically, identifying pathogenic somatic variants can provide insights into the origin of somatic mosaicism and the biological pathways that are involved in the condition of interest. As a result, somatic variants and the techniques to identify them are an area of interest to clinicians and the scientific community more broadly.

. 液滴数字 PCR 作为 II 型局灶性皮质发育不良的一级分子诊断工具[J]. 中国神经再生研究(英文版), 2023, 18(11): 2389-2390.

Wei Shern Lee, Paul J. Lockhart. Utility of droplet digital polymerase chain reaction for studying somatic mosaicism: brain malformations and beyond[J]. Neural Regeneration Research, 2023, 18(11): 2389-2390.

参考文献

引言

出版重点

《中国神经再生研究（英文版）》杂志为SCI、PubMed数据库收录的国际唯一一本专注神经再生领域研究的经同行评议的开放获取期刊，出版来自全球神经再生领域专业学者的前沿性基础研究及临床研究及转化医学、循证医学优秀的最新成果。

期刊出版来自于脑损伤与神经再生、脊髓损伤与神经再生、周围神经损伤与神经再生和神经退行性病与神经再生、神经影像与神经再生的相关研究。期刊关注神经损伤与再生过程中的轴突再生、突触生长、神经可塑性、神经修复和替代、神经移植等最新研究成果。尤其关注应用细胞治疗、基因治疗、生物因子治疗、药物治疗、手术治疗、康复治疗、物理疗法、组织工程、生物工程、生物材料、神经假体等干预性方法产生神经再生效果的相关研究。文章应清晰描述抑制神经元损伤、减轻神经元损伤的一系列变化，保护损伤神经元的过程、方法、程度与评价，突出从细胞分子水平以及分子生物学水平解释神经元损伤后以及预后再生的机制。

NRR杂志被国际重要数据库收录

科学引文索引（Science Citation Index Expanded，SCI）

美国国立医学图书馆（PubMed）

美国国立医学图书馆开放获取全文数据库（PubMed Central, PMC）

美国生物学文摘数据库（BIOSIS previews, BP）

美国《化学文摘》（Chemical Abstracts, CA）

Scopus荷兰《医学文摘库/医学文摘》（Excerpta Medica, EM）

波兰《哥伯尼索引》（Index of Copurnicus, IC）

OvidSP平台数据库

中国科学引文数据库（CSCD）

中国科技期刊数据库-统计源期刊（CSTPCD）

编委会

主编Editor-in-Chief

苏国辉院士（Kwok-fai So, Chair Professor and Head, Jessie Ho Professor in Neuroscience, Department of Anatomy, The University of Hong Kong）。

徐晓明教授（Xiao-ming Xu, Professor and Mari Hulman George Chair of Neurological Surgery, Scientific Director of Spinal Cord and Brain Injury Research Group, Indiana University School of Medicine）

联系方式：Email: szb@nrren.org 电话：+86 138 0499 8773

编委会成员

期刊编委队伍由国际神经再生领域著名学者、中国科学院院士、香港大学苏国辉教授和美国印第安纳大学徐晓明教授领导的由100多位国际神经再生优秀专家组成。共同致力于创办一本发表神经再生领域专业学术研究经同行严格评审的优秀学术期刊。

在线投稿平台

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所有的稿件都将通过该系统提交至NRR杂志电子投稿出版管理系统。

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初次投稿：

投稿信:

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作者协议：

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投稿后的同行评议

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根据评审意见，编辑部决定稿件返修，再审，被接受或退稿。稿件被接受后，作者可经投稿平台以通讯作者账号随时查询稿件的出版进程。

材料方法

讨论

特邀稿件

对特邀综述稿件的要求：

（1）需提前向编委会提交写作大纲，通过选题后，文章需在2个月内完成。

（2）全文不超过6000个单词，包括摘要，不包括参考文献，图和表格，出版后8-10个版面。

（3）文章写作结构：

文题：不超过 90个字母，20个单词。

摘要：非结构式， 250单词。

引言：

主体内容：

总结：

作者贡献：

利益冲突：

参考文献：采用 Journal of Neuroscience格式。

特邀述评类文章：观点、点评、研究亮点、给编辑的信等。

特邀观点栏目文章要求：

（1）观点文章为作者对神经再生领域某一热点问题的评论，有作者鲜明的观点和作者本人

对此科研过程的认识和总结。

（2）需提前向编委会提交写作大纲，通过选题后，文章需在2个月内完成。

（3）全文2000- 3000单词，包括参考文献，不需要图和表格，不需要摘要，出版后2个版面。

（4）文章写作结构：

文题：不超过 90个字母，20个单词。

主体内容：

参考文献：不超过 5条，采用Journal of Neuroscience格式。

特邀点评与研究亮点栏目文章要求：

（1）点评文章为点评在本刊发表的文章，研究亮点文章为点评国际优秀杂志近期或在线提前发表的前沿性的优秀文章。

（2）需提前向编委会提交写作大纲，通过选题后，文章需在2个月内完成。

（3）全文2000- 3000单词，包括参考文献，不需要图和表格，不需要摘要，出版后2个版面。

（4）文章写作结构：

文题：不超过 90个字母，20个单词。

主体内容：

利益冲突：

参考文献：不超过 5条，采用Journal of Neuroscience格式。

给编辑的信栏目文章要求：

（1）给编辑的信文章为读者对本刊已发表文章的来信反馈。

（2）全文1000- 2000单词，不包括参考文献，文章不需要摘要、图和表格，出版后1个版面。

（4）文章写作结构：

文题：不超过 90个字母，20个单词。

主体内容：

利益冲突：

参考文献：不超过 5条，采用Journal of Neuroscience格式。

文章快阅

延伸阅读

NRR：澳大利亚墨尔本大学Paul J. Lockhart团队报道液滴数字聚合酶链式反应在识别局灶性脑畸形体细胞变异中的作业

液滴数字聚合酶链式反应已成为一种有用的遗传分析工具，它允许通过样本分配的方式检测低丰度目标。在液滴数字聚合酶链式反应中，每个样本通过微流体和水油乳化液滴技术被分成多达 20,000 个液滴。每个纳升大小的液滴作为一个单独的聚合酶链式反应反应，仅包含一个或几个模板分子。在聚合酶链式反应之后，来自每个液滴的信号被单独分析，从而允许检测非常罕见的体细胞变异。液滴数字聚合酶链式反应相比传统聚合酶链式反应检测能力相当可观；在常规聚合酶链式反应中，包含一个突变拷贝和 99 个野生型拷贝（即 1%变异等位基因频率）的样本将具有检测不到的突变信号，这是由于已经丰富的野生型拷贝的指数放大。在液滴数字聚合酶链式反应中，分配过程会生成一个包含突变体拷贝的液滴和 99 个包含野生型拷贝的液滴，并且由于每个液滴都经过单独的聚合酶链式反应扩增并独立分析，因此获得了来自一个突变体液滴和 99 个野生型液滴的信号，从而导致报告 1%变异等位基因频率。每个样品最多可产生 20,000 个液滴，液滴数字聚合酶链式反应系统可提供高精度和高效率。在研究体细胞嵌合体时，液滴数字聚合酶链式反应是独立验证通过下一代测序检测到的体细胞变异的合适工具。这是重要的一步，因为下一代测序有其固有的缺陷，而且测序假象可能以不同的形式出现，例如错位、碱基检出不良和重复。

来自澳大利亚墨尔本大学Paul J. Lockhart团队认为，在液滴数字聚合酶链式反应中，变体特异性探针（通常基于小沟结合技术或锁核酸技术）能够高度特异性地检测单核苷酸多态性、插入和缺失。液滴数字聚合酶链式反应的检测限为 ~0.008%，使其成为检测低变异等位基因频率变异的高度可靠的工具。液滴数字聚合酶链式反应是一种强大的基因分析工具，在脑畸形、癌症和日益精密的医学中有广泛的应用。2022年发布了一个新系统，该系统能够检测多达六种不同的荧光团，这显著提高了液滴数字聚合酶链式反应检测的吞吐量和复用能力。此前，液滴数字聚合酶链式反应的复用通常通过调节反应中不同探针的浓度来完成。由于能够在一个样本井中检测多达六种颜色，研究人员现在将能够从少量样本基因组DNA中获取更大的数据集。预计，未来技术的进步将继续扩大液滴数字聚合酶链式反应检测的潜在应用和效率。

文章在《中国神经再生研究（英文版）》杂志2023年 11月 11 期发表。