中国神经再生研究(英文版) ›› 2019, Vol. 14 ›› Issue (12): 2104-2111.doi: 10.4103/1673-5374.262589
Wei Liu 1 , Chao Jia 2 , Li Luo 3, 4 , Hai-Lian Wang 1 , Xiao-Li Min 5 , Jiang-Hui Xu 1 , Li-Qing Ma 1 , Xia-Min Yang 1 , Ying-Wei Wang 1 , Fei-Fei Shang 3
摘要:
环状RNA通过基因头对尾剪接产生,且在所有多细胞生物中普遍表达,其生物学功能已被越来越多地关注。脑缺血再灌注损伤诱导的脑微血管内皮细胞功能障碍是血脑屏障破坏的基础。但是脑微血管内皮细胞中环状RNA的表达谱和潜在功能尚不清楚。实验首先提取大鼠脑微血管内皮细胞,以无糖培养基95%N2,5%CO2,37℃培养4h后,再以完全培养基培养6h。提取细胞中的RNA,使用Find_circ和CIRI2软件鉴定环状RNA,通过DAVID Functional Annotation Tool对DE环状RNA宿主基因和差异表达的mRNA的交叉基因进行功能和途径富集分析,以Miranda软件用于预测可能被circRNA吸收的miRNA,以Cytoscape用于描述环状RNA-miRNA相互作用网络。结果显示正常和氧糖剥夺/恢复的脑微血管内皮细胞中共存在1288个环状RNA。氧糖剥夺/恢复的脑微血管内皮细胞中有211个差异表达的circRNA上调,326个差异表达的circRNA下调。这些差异表达的circRNA的宿主基因与DE mRNA的宿主基因重叠。功能富集分析进一步研究共有基因,发现circRNA可能有助于钙离子功能和环鸟苷3',5'-单磷酸环磷酸鸟苷-环磷酸鸟苷依赖性蛋白激酶信号传导通路。实时定量PCR测定从重叠宿主基因转录的环状RNA的水平,其中最高倍数变化值的10个环状RNA中的8个被成功验证。随后通过生物信息学分析探索了这8种环状RNA的环状RNA-微小RNA相互作用网络,分析鉴定了可能与DE环状RNA相互作用的微小RNA。表明这些差异表达的环状RNA在脑缺血再灌注损伤发病中是重要的,可能成为脑缺血疾病的潜在治疗靶点。实验于2018年3月22日经重庆医科大学动物委员会批准,批准号为CQMU20180086。
orcid: 0000-0003-3271-8562 (Ying-Wei Wang) 0000-0002-2706-2100 (Fei-Fei Shang)